숭례문 화재 이후 현장에서는 추가 붕괴위험 부재를 해체하는 등 신속히 현장을 수습하는 한편, 피해 현황을 기록하기 위해 실측작업을 실시했다.

피해 부재는 부재의 특성에 따라 분류 정리해 2008년 5월말까지 경복궁 내 부재보관소로 운송했고, ‘숭례문 화재 피해 현황 및 수습 보고서’를 2008년 5월말 발간하는 것으로 수습 단계를 마무리 했다.

이후 2008년 6월부터 2009년 12월까지 숭례문 복구공사 준비를 위해 2008년 한해 국민들께서 기증 의사를 밝힌 소나무 166건 중 80건에 대해 현지조사, 법률 검토 등을 거쳐 선별된 소나무 입목 21주와 원목 338개 기증받아 2009년 2월에 벌채, 운반해 경복궁내 목재보관소에서 건조시켜 숭례문의 대들보, 기둥 등 중요한 부재로 사용하고, 상량문 등 주요 복구 기록에 남겼다.
또한 조 선태조 이성계 5대조 묘소인 삼척시 준경묘역 내 소나무 10주를 벌채해 경복궁 목재보관소에 옮겨 2년여간 자연 건조를 거쳐 숭례문 복구에 사용했다.

숭례문 복구공사에 앞서 숭례문 주변 지형의 변화를 확인하기 위해 2008년 6월부터 2010년말까지 발굴조사를 실시해 2008년 1차 발굴조사에서 숭례문 앞뒤에 깔았던 박석을 통해 조선후기 도로를 확인했고, 조선전기~ 대한제국 시기 건물터와 숭례문 동서 성벽의 기초를 확인하는 성과를 거뒀다.

또한 소방대원에 의해 긴급하게 수습된 현판은 지난해 양녕대군 사당인 지덕사(至德祠)에 소장된 숭례문 현판 탁본자료를 제공받아 진위를 확인한 결과 한국전쟁 이후 잘못 수리된 부분을 확인해 이를 바로잡아 복구 완료했다.